Le traitement des données du recensement se déroule en deux grandes étapes : d'abord le dénombrement, ensuite les exploitations statistiques.

Le dénombrement est la première exploitation effectuée après la collecte. Il permet d'obtenir les comptages de population et de logements.

Les exploitations statistiques s'effectuent en deux temps de manière à mettre à disposition, le plus rapidement possible, l'essentiel des résultats.

La première exploitation statistique dite " exploitation principale " est exhaustive, c'est-à-dire qu'elle traite la totalité des bulletins individuels et des feuilles de logement.

Elle consiste à dégager les principales caractéristiques de la population et des logements.

Concernant les individus, toutes les variables démographiques et les premières caractéristiques socio-économiques sont traitées, soit en comparaison avec l'exploitation du recensement de 1990 :
- les variables de 1990 (présentes dans l'exploitation légère 1990) : sexe, âge, état matrimonial, type d'activité et statut, conditions d'emploi, commune de lieu de travail, position professionnelle ;
- les variables de 1990 (présentes uniquement dans l'exploitation lourde 1990) : département ou pays de naissance, nationalité, commune de résidence antérieure, diplôme, temps partiel ;
- des variables nouvelles 1999 : lieu d'études, niveau d'études, mode de transport des actifs occupés, année d'arrivée en France métropolitaine pour les personnes nées à l'étranger ou outre-mer.

Concernant les logements, toutes les variables sont traitées.
Il s'agit :
- de variables de 1990 : type de logement, année d'achèvement, nombre de pièces d'habitation, statut d'occupation, HLM, W-C, chauffage, combustible, voitures, exploitation agricole ;
- de variables nouvelles 1999 : évacuation des eaux usées, surface du logement, année d'emménagement, nombre de salles d'eau, garage-box-parking.

Concernant les immeubles, toutes les variables sont traitées.
Il s'agit :
- de variables de 1990 : année d'achèvement, chauffage central, combustible, HLM ;
- de variables nouvelles 1999 : évacuation des eaux usées, gardien, digicode-interphone, ascenseur, nombre d'étages, garage-box-parking.